Es ist bemerkenswert, was Pfarrer Johannes Derksen in reichlich 13 Jahren seiner Tätigkeit in der Gemeinde (1949 -1963) bewirken konnte. Das Gemeindeleben musste in den Nachkriegsjahren völlig neu aufgebaut werden. Dafür kam ihm seine Gabe, ständig neue Ideen zu entwickeln und auch umzusetzen, zu Hilfe. Er schrieb eine Vielzahl von Mysterien-, Weihnachts- und Heiligenspiele, die von der Gemeindespielschar aufgeführt wurden. Seine unzähligen Romane werden heute noch gelesen und zum Teil auch neu veröffentlicht. Es war sein Verdienst, dass für die Dresdner Katholiken erstmals seit der Reformation öffentliche Fronleichnams- prozessionen im Großen Garten durchgeführt werden konnten. Anlässlich des 50-jährigen Bestehens der Herz-Jesu-Kirche ließ er diese umfassend renovieren. Er entwarf einen Themenzyklus für die Neuverglasung der Fenster, der durch den namhaften Künstler Prof. Bruno Seener in entsprechende Entwürfe umgesetzt wurde und auch heutzutage durch die Leuchtkraft der Farben große Beachtung findet.
Aus gesundheitlichen Gründen musste er 1963 auf die Pfarrei verzichten. Er verstarb zehn Jahre später bei einem Besuch in seiner Heimatstadt.